El desarrollador principal de Assassin's Creed Shadows ha confirmado que los jugadores no se perderán contenido crucial al centrarse en un solo protagonista. Assassin's Creed Shadows ofrece a los jugadores una opción entre dos personajes convincentes: Naoe, una femenina shinobi, y Yasuke, un samurai africano histórico, una elección que ha generado una considerable discusión previa al lanzamiento.
A algunos fanáticos se les preocupaba que favorecer a un personaje pueda conducir a los puntos clave de la trama o el juego. El director creativo Jonathan Dumont abordó estas preocupaciones, describiendo su propio enfoque equilibrado: "Tiendo a cambiar entre personajes de manera bastante uniforme. Por ejemplo, podría pasar 3-5 horas con un protagonista, luego cambiar y jugar otras 2-3 horas con la segunda".
Sin embargo, Dumont aseguró a los jugadores que elegir un personaje principal no obstaculizará significativamente su experiencia. Si bien cada protagonista cuenta con secuencias introductorias únicas y historias personales, la narrativa del juego se adapta a la preferencia del jugador. Él alienta a los jugadores a jugar como desean: "No creo que te pierdas mucho. Realmente se reduce a tu estilo de juego personal. Podrías pensar, 'Muy bien, veré cómo el juego se ajusta en función de qué personaje escetoé'. Cada héroe tiene sus propias presentaciones únicas y líneas de búsqueda dedicadas, pero la experiencia principal es flexible.